Wycofanie się sowietów z Afganistanu na początku 1989, spowodowało także konieczność zamknięcia amerykańskiej ambasady, z powodu obaw czy władze afgańskie będą w stanie zapewnić bezpieczeństwo dyplomatom. Placówka została zamknięta 30 stycznia 1989.
Wojna w Afganistanie 7 października 2001 miała miejsce natowska inwazja na Afganistan pod przewodnictwem Stanów Zjednoczonych, która następnie przerodziła się w trwającą do 2021 wojnę w Afganistanie. 17 grudnia 2001 utworzono Biuro Łącznikowe Stanów Zjednoczonych w Kabulu, a 22 grudnia 2001 Stany Zjednoczone uznały nowe afgańskie władze. 17 stycznia 2002 w miejsce biura łącznikowego ponownie otwarto Ambasadę Stanów Zjednoczonych w Kabulu.
W 2002 powstały budynki tymczasowe placówki o wartości ponad 100 mln USD. W latach 2010–2016 siedziba ambasady została rozbudowana. Koszty budowy wyniosły 792,9 mln USD, przy planowanych wydatkach 511 mln USD. Ambasada kilkukrotnie była atakowana.