Osiągnięcia naukowe W początkach XX wieku zajmował się badaniem właściwości szarego półksiężyca i roli plemników płazów w formowaniu się jaja. Fizycznie uszkadzając poszczególne fragmentu szarego półksiężyca, zdołał zlokalizować rejon odpowiedzialny za dokonywanie się spontanicznego podziału komórkowego. W 1902 opublikował monografię nt. ontogenezy płazów ogoniastych i bezogonowych. Zajmował się badaniem blastomerów płazów. Znacznie przyczynił się do rozwoju wiedzy nt. organizera Spermanna-Mangolda. Był pionierem w dziedzinie eksperymentalnej embriologii ssaków i uznaje się go za założyciela brukselskiej szkoły embriologii. W 1912 przeprowadził eksperyment, w którym zdołał utrzymać blastocystę królika przy życiu poza organizmem matki przez 48 godzin. W 1921 opublikował Traite d'Embryologie des Vertebres, pracę uznawaną za jego najważniejsze dzieło w dziedzinie embriologii opisowej. Brachet był redaktorem wydanych pośmiertnie drukiem pism Eduarda van Benedena. Sprawował przez 20 lat funkcję redaktora pisma naukowego "Archives de Biologie". Był członkiem zagranicznym Polskiej Akademii Umiejętności.