Historia powstania muzeum Dziennikarz Franz-Michael Günther, zainspirowany mostem Glienicke, łączącym Poczdam i Berlin, na którym przebiegała granica pomiędzy Berlinem Zachodnim a Wschodnim i który był podczas zimnej wojny miejscem wymiany szpiegów pomiędzy Związkiem Radzieckim a Stanami Zjednoczonymi, postanowił stworzyć w Berlinie (nazywanym „stolicą szpiegostwa”) muzeum poświęcone historii szpiegostwa.
Siedziba muzeum mały|Wejście do muzeum mały|Wejście na ekspozycję Günther zaczął kolekcjonować eksponaty dla przyszłego muzeum i szukać miejsca dla jego siedziby. Pod uwagę wzięto kilka lokalizacji: kompleks Hackesche Höfe, Wyspę Muzeów oraz barokowy Prinzessinnenpalais przy Unter den Linden. Ostateczna decyzja padła na Leipziger Platz, uzasadniono to tym, że muzeum będzie się mieściło tam, gdzie dawny „pas śmierci” – w czasach zimnej wojny była to ziemia niczyja, między wewnętrznym i zewnętrznym obwodem Muru Berlińskiego, na linii historycznego podziału Berlina.