Muzeum Archeologiczne w Heraklionie – muzeum starożytności znajdujące się w Heraklionie na Krecie. Jest największym muzeum gromadzącym eksponaty z wykopalisk na wyspie i drugim pod względem wielkości greckim zbiorem antycznych pamiątek i wykopalisk (po Narodowym Muzeum Archeologicznym w Atenach).
Historia placówki Muzeum powstało w 1900 na bazie kolekcji lokalnego Towarzystwa Przyjaciół Edukacji (Philekpaideutikos Syllogos), której początek sięgał 1883. Obecnie zbiory znajdują się w nowoczesnym, antysejsmicznym budynku wybudowanym w latach 1937–1940 według projektu architekta Patroklosa Karantinosa w miejscu, gdzie wcześniej stał wenecki, rzymskokatolicki klasztor pw. św. Franciszka, zniszczony przez trzęsienie ziemi w 1856. Po II wojnie światowej muzeum otworzyło swoje zbiory dla publiczności w 1952.
Rozmieszczenie i zakres zbiorów Ekspozycja muzeum obejmuje 20 sal, w których prezentowane są eksponaty pochodzące od czasów neolitycznych do okresu rzymskiego.