W XVII wieku Pcim był żywym ośrodkiem ruchu ariańskiego. W 1651 r. w czasie powstania Kostki-Napierskiego działał w Pcimiu Marcin Radocki, nauczyciel i organista, który za udział w powstaniu i współpracę z Kostką-Napierskim został stracony w Krakowie 11 lipca 1651 r. W 1687 r. w czasie rekwizycji bydła doszło do konfliktu pomiędzy chłopami a kasztelanem Warszyckim, który wysłał przeciw nim oddział wojska. Chłopi stawili czynny opór, ich przywódcą był mieszkaniec Pcimia Piotr Ornatek.

W 1939 r. w walkach obronnych o Pcim wzięła udział 10 Brygada Kawalerii płk. Stanisława Maczka. W czasie okupacji działały oddziały Armii Krajowej.

W 1953 r. w budynku dawnego dworu powstał zakład produkcyjny Polskiego Związku Głuchych. W centrum Pcimia przy szosie Kraków – Zakopane istniała od XIX w. znana karczma „U Druzgały” (później „Chata Sasa”). W Pcimiu rozgrywa się akcja sztuki ludowej „Zrękowiny u Druzgały” Jana Szczęsnego-Płatkowskiego (ps. „Pobratymiec”), ukazująca obyczaje pcimskich górali Kliszczaków.

Miejscowość ucierpiała podczas powodzi w 2010 r.

Urodził się tu Michał Róg, polski działacz ludowy, wicemarszałek Sejmu.

W latach 1954–1972 wieś była siedzibą gromady Pcim.