Mierzeszyn powstał przy trakcie kupieckim wiodącym z Gdańska do Kościerzyny. Początki wsi sięgają X-XII wieku. W XIII wieku Mierzeszyn leżał w krainie lubiszewsko-tczewskiej, której północno-zachodnia granica przebiegała przez miejscowości: Trąbki Wielkie, Gołębiewo Wielkie, Postołowo, Mierzeszyn, Pomlewo, Przywidz i pokrywała się z granicą dekanatu tczewskiego w XVI wieku oraz należał do kasztelanii tczewskiej.
Z okresu, kiedy Pomorzem Gdańskim władali książęta wschodniopomorscy, a więc z XII-XIII wieku, nie posiadamy żadnych konkretnych informacji dotyczących Mierzeszyna. Nie sposób więc dociec, kto był właścicielem wsi. Pierwsze wzmianki o tej miejscowości pochodzą dopiero z czasów panowania krzyżackiego na ziemi gdańskiej.
Od zajęcia Pomorza przez Krzyżaków w 1308 do pokoju toruńskiego w 1466 roku thumb|200px|Kościół pw. świętego Bartłomieja thumb|200px|Wnętrze kościoła pw. świętego Bartłomieja Po zajęciu Pomorza Wschodniego w roku 1308/9, co zostało potwierdzone w 1343 w Kaliszu, gdzie król Kazimierz Wielki zrzekł się Pomorza, Krzyżacy przystąpili do utwierdzania swojej władzy na tym terenie.