Od tej pory aż do zakończenia drugiej wojny światowej katolicy będą stanowić w Mierzeszynie zdecydowaną mniejszość.
Na okres dzierżawy Jana II von Schorz przypada zdarzenie, które spowodowało nawiązanie szczególnych stosunków Mierzeszyna z Gdańskiem. W dniu 30 września 1592 roku Arnold Uphagen z Ypern – przodek gdańskiego rajcy Jana Uphagena – kupił od Jakuba Schorkowskiego wolne od pańszczyzny wójtostwo w Mierzeszynie za 390 marek, a inwentarz za 220 marek. Dopiero w roku 1609 nastąpiło potwierdzenie tego faktu przez króla polskiego. Rodzina Uphagenów nie rezydowała w Mierzeszynie, mieszkali na stałe w Gdańsku, a wójtem w imieniu Arnolda Uphagena był Lorenz Georgsen.
W 1664 roku została przeprowadzona przez koronę polską lustracja. Podczas niej odnotowano, że Mierzeszyn ma 60 włók, z czego wójta jest 6, proboszcza 4, a chłopskich 50. Dawniej było 25 chłopów, którzy płacili 24 floreny od włóki. A obecnie, czyli w 1664 roku, jest tylko 13 chłopów, wśród nich dwóch karczmarzów, którzy płacili dawniej po 100 florenów podatku, a obecnie płacą 60 florenów. W 1662 roku Mierzeszyn został kupiony przez Franza von Buy. Kolejnymi dzierżawcami Mierzeszyna byli: Franciszek Maksymilian Ossoliński – późniejszy podskarbi koronny i Ignacy Czarliński, który zmarł w 1725 roku.