Gracz może również używać telefonu Okabe do interakcji z przyjaciółmi poprzez aplikację do wysyłania wiadomości RINE. W niektórych momentach gra wyświetla powiadomienie, że Okabe otrzymał wiadomość, a gracz ma możliwość wybrania jednej z dostępnych odpowiedzi – tekstowych lub naklejki – tymczasowo wstrzymując grę i rozpoczynając rozmowę z inną postacią, która zmienia się w zależności od odpowiedzi gracza. W przeciwieństwie do rozmów z Amadeusem, wiadomości RINE nie wpływają na rozgałęzienie fabuły.
Fabuła mały|Akcja gry toczy się w Akihabarze w Tokio. Historia rozgrywa się w alternatywnej linii świata z oryginalnego Steins;Gate, gdzie Rintarō Okabe nie udaje się uratować Kurisu Makise i zapobiec przyszłej wojnie o wehikuł czasu. Rintarō, wciąż straumatyzowany przekraczaniem setek linii świata i patrzeniem jak jego przyjaciele cierpią i umierają niezliczoną ilość razy, akceptuje swoje życie w linii beta świata, gdzie Kurisu pozostaje martwa. Po upływie kilku miesięcy spotyka Maho Hiyajō i Alexisa Leskinena, dwóch dawnych współpracowników Kurisu, którzy pracują nad Amadeusem, systemem sztucznej inteligencji wykorzystującym wspomnienia Kurisu sprzed jej śmierci.