Zaraz po aresztowaniu komuniści przesłuchiwali Czesława Sowę, chcąc jak najszybciej dowiedzieć się, gdzie ukrywa się „Uskok”. Jeszcze na terenie Kolonii Zezulin został brutalnie pobity i był zastraszany. Po jego nieugiętym zachowaniu, został przewieziony do Lubelskiego Urzędu Bezpieczeństwa w Lublinie przy ulicy Krótkiej. Funkcjonariusze stosowali wobec niego liczne tortury psychiczne i fizyczne. Z jego relacji wynika, że nie był wyłącznie bity, pozbawiono go możliwości snu i opieki zdrowotnej (rana postrzałowa ropiała coraz bardziej i wymagała pomocy medycznej), ponadto przez kilka dni nie dawano mu jedzenia i picia. Po licznych przesłuchaniach „Sajko” został przetransportowany na Zamek Lubelski. Z powodu fatalnego stanu zdrowia trafił na salę szpitalną, po wyleczeniu został przeniesiony do sali ogólnej.

W maju 1947 roku na mocy wyroku Wojskowego Sądu Rejonowego w Lublinie Czesław Sowa ps. „Sajko” został skazany na 7 lat pozbawienia wolności. Początkowo wyrok odbywał na Zamku Lubelskim, od września 1947 roku we Wronkach. W 1951 roku przeniesiono go do więzienia w Potulicach, a później umieszczono go w przymusowym zakładzie pracy w kamieniołomie w Strzelcach Opolskich.

„Sajko” mury więzienia opuścił 27 czerwca 1953 roku i wyjechał do Szczecina.