W czasie II wojny światowej zbiorami opiekował się Adam Fischer, a po jego śmierci – żona i syn. Dzięki staraniom Fischera większość zbiorów bibliotecznych przetrwała okupację. Po wojnie, decyzją Jana Czekanowskiego i Józefa Gajka, siedziba TL, które przyjęło nazwę Polskie Towarzystwo Ludoznawcze, została umiejscowiona w Lublinie. Zbiory archiwalne i biblioteczne, które zaraz po zakończeniu II wojny światowej znajdowały się w mieszkaniu Fischerów w Gliwicach, przewieziono w 1946 do siedziby biblioteki. Jako że część księgozbioru zaginęła w czasie wojny, starano się go uzupełnić zbiorami z bibliotek, które znajdowały się na Ziemiach Odzyskanych, a także kupując książki po Fischerze. W 1952, na krótko, biblioteka mieściła się w Poznaniu.
Od 1953 siedzibą PTL i biblioteki stał się Wrocław. Ich lokalizacja zmieniała się tam kilkukrotnie i związana była z Uniwersytetem Wrocławskim (UWr): pomieszczenia przy placu biskupa Nankiera 4, przy ulicy Szewskiej 36, budynki biblioteki Wydziału Nauk Społecznych UWr przy ul. Koszarowej, budynki przy ulicy Szczytnickiej, a w 2013 zapadła decyzja o przeniesieniu siedziby biblioteki do nowego gmachu Biblioteki Głównej UWr.