Część ekspozycji ściennych z tamtego okresu jest prezentowana do dziś stanowiąc unikatową w skali kraju kolekcję. Mapa dna Bałtyku stanowiąca centralną część w Sali Bałtyckiej została wykonana specjalnie na zamówienie Akwarium i również pamięta jego początki.
Przez ponad 30 lat obiekt nosił nazwę Muzeum Oceanograficzne i Akwarium Morskie Morskiego Instytutu Rybackiego w Gdyni. W 2003 roku zmieniono nazwę na tę obowiązującą do dziś, czyli Akwarium Gdyńskie, a od 2005 roku placówka uzyskała status ogrodu zoologicznego. W 1991 Morski Instytut Rybacki przeniósł się do budynku przy Kołłątaja 1. Od 1998 roku w budynku Akwarium działa Centrum Edukacji, w którym powstały: Sala Kinowo-Konferencyjna, laboratoria do prowadzenia zajęć wyposażone w mikroskopy i sprzęt komputerowy oraz Sala Przedszkolna, w której odbywają się zajęcia skierowane do najmłodszych. W zajęciach tych bierze udział przeciętnie ponad 40 tys. uczniów i osób dorosłych rocznie.