II wojna światowa i okres powojenny thumb|Zamek w Kownie po rekonstrukcji W 1940 roku Kowno liczyło 160 tys. mieszkańców (w ciągu dwudziestu lat niepodległości liczba mieszkańców wzrosła dwukrotnie). To tutaj (a nie w Wilnie) „sejm ludowy” proklamował samolikwidację państwa i przyłączenie się do ZSRR. Po wejściu Niemców Litwini zorganizowali w Kownie pogrom antyżydowski, w którym zabili 3,8 tysiąca osób.
W czasie okupacji niemieckiej siedziba władz hitlerowskich. W IX forcie twierdzy kowieńskiej Niemcy urządzili obóz koncentracyjny KL Kauen, w którym zgładzono około 100 tys. Żydów i Romów.
W latach 1955–1959 na Niemnie wzniesiono Zbiornik Kowieński. W 1965 roku uruchomiono w Kownie komunikację trolejbusową.
15 maja 1972 student Romas Kalanta dokonał publicznego samospalenia na skwerze przy al. Wolności, w proteście przeciwko okupacji Litwy przez ZSRR, co stało się powodem dwudniowych krwawych zamieszek w mieście. W roku 2022 Kowno stało się Europejską Stolicą Kultury wraz z luksemburskim Esch-sur-Alzette.
Zabytki
thumb|200px|Katedra św. Piotra i Pawła thumb|200px|Kościół św. Jerzego (bernardyni) thumb|200px|Ratusz w Kownie thumb|200px|Kościół św. Trójcy (bernardynek) thumb|200px|Klasztor kamedułów w Pożajściu modernistyczne Kowno: architektura optymizmu (1919-1939), wpisana na listę światowego dziedzictwa UNESCO ruiny zamku w Kownie (XIV-XVI wiek) archikatedra śś. Piotra i Pawła, gotycka (XV-XVII wiek)