W tym czasie przy zamku powstała ufortyfikowana faktoria handlowa należąca do Gdańska, z której eksportowano drewno, wosk, miód, smołę i dostarczane przez Żmudzinów dziewczęta. W 1391 zamek w Kownie był miejscem zbornym w czasie Krzyżackiego najazdu na Litwę, a w 1396 roku w jego murach wielki mistrz krzyżacki podpisał z Witoldem zawieszenie broni, po którym podpisano pokój na wyspie Salin w 1398 r., na mocy którego Kowno stało się miastem nadgranicznym pomiędzy Litwą i opanowaną przez Krzyżaków Żmudzią. Krzyżacy po 1398 roku wybudowali milę od Kowna nowy zamek . W 1404 roku w zamku w Kownie odbył się zjazd Witolda z wielkim mistrzem krzyżackim, na którym Żmudzini złożyli hołd wielkiemu mistrzowi. W dniu 6 stycznia 1408 roku na zamku odbył się kolejny zjazd, na którym stawił się wielki mistrz Ulrich von Jungingen, mistrz inflancki i król Polski Władysław II Jagiełło oraz będący między nimi rozjemcą Witold. W 1408 roku Kowno uzyskało prawa miejskie magdeburskieStanisław Alexandrowicz, Geneza i rozwój sieci miasteczek Białorusi i Litwy do połowy XVII wieku, w: Acta Baltico-Slavica, t. VII, Białystok 1970, s. 48.. Ostatecznie przynależność państwowa Kowna uregulowana została po bitwie grunwaldzkiej (1410) i pokoju toruńskim (1411). thumb|upright|left|Kamienica gotycka tzw.