W 1731 roku miasto strawił potężny pożar. Ponowny rozwój miasta przypadł na drugą połowę XVIII wieku. Miasto królewskie w 1782 roku, t. XVI, Halle, 1782, s. 15.. Projektowanego na sejmie grodzieńskim województwa kowieńskiego nie utworzono z powodu III rozbioru Polski. W jego wyniku miasto przypadło Rosji i włączono je w obręb guberni wileńskiej.
Choć Żydzi pojawiali się w Kownie już wcześniej, dopiero od XVII wieku datuje się ich stałą obecność w mieście. Przed 1716 wystawili swój pierwszy dom modlitwy, jednak spór z mieszczaństwem kowieńskim doprowadził w 1753 do nakazu wyprowadzki żydostwa do pobliskiego Wiliampola. Dopiero pod koniec XVIII wieku starozakonni zaczęli rosnąć w siłę, szczególnie na terenie wydzielonej z miasta jurydyki. Po rozbiorach władze cesarskie utrzymały zakaz osiedlania się Żydów w mieście, który zniesiono w 1858 roku.