Zagrożenia W 2004 roku oceniano liczebność tego gatunku na około milion osobników. Populacja petreli maleje, głównie ze względu na drapieżnictwo i konkurencję ze strony gatunków inwazyjnych. Historycznie przyczyniły się do tego królik europejski (Oryctolagus cuniculus), szczur śniady (Rattus rattus) i szczur polinezyjski (R. exulans), które zostały wytępione na większości wysp. Po ich usunięciu populacja petrela bonińskiego szybko wzrosła. Obecność szczurów śniadych pozostaje problemem na części japońskich wysp, jednak wykorzystywanych przez tylko 5% rozmnażającej się populacji. Na części wysp na ptaki polują także myszy domowe (Mus musculus).
Ze względu na ich nocny tryb życia, zanieczyszczenie świetlne dezorientuje petrele bonińskie i sprzyja kolizjom z konstrukcjami zbudowanymi przez człowieka.
Obce gatunki roślin, w szczególności Verbesina encelioides i kolczatek Cenchrus agrimonioides degradują środowisko wysp, prowadząc do rozluźnienia gleby. Na atolu Kure mrówki Pheidole megacephala mogą zwiększać śmiertelność piskląt i przyczyniać się do zaniku rodzimej roślinności.