Zarodniki (7,0–) 7,5–10,0 (–11,0) × (4,5–) 5,0–6,0 (–7,0) µm, Q = 1,45–1,78, jajowate do elipsoidalnych, w widoku z boku lekko migdałowate, w KOH żółtawo-brązowe, o ścianach drobno, ale wyraźnie brodawkowatych. Cheilocystydy 28–65 × 4–10 × 3–5 µm, cylindryczne, szeroko butelkowate do wąsko butelkowatych, czasem rozgałęzione w górnej części, z wierzchołkiem nieco główkowatym, czasem z przegrodą w górnej części, szkliste, cienkościenne. Pleurocystyd brak, czasami zdarzają się butelkowate, pleurocystydoidalne strzępki lub bazydiole o łocistożółtej zawartości. Skórka typu trichoderma, zbudowana z luźno splecionych, szklistych, cienkościennych strzępek o szerokości 3–6 µm. Sprzążki obecne we wszystkich strzępkach.
Występowanie i siedlisko Stanowiska ciżmówki szorstkozarodnikowej podano w Ameryce Północnej i Południowej, Europie, Afryce i Australii. Najwięcej stanowisk podano w Europie. Występuje tu na całym niemal obszarze, od Morza Śródziemnego po północne krańce Półwyspu Skandynawskiego. W piśmiennictwie naukowym w Polsce do 2003 r. znane było tylko jedno stanowisko, podane przez A. Piláta w Puszczy Białowieskiej w 1950 r.