W roku 2000 powstał Instytut im. Thora Heyerdahla, który ma na celu kontynuację dzieła Heyerdahla. We współpracy z Norweskim Uniwersytetem Nauk Biologicznych instytut przyznaje czteroletnią profesurę im. Thora Heyerdahla.
W 2011 roku archiwum Thora Heyerdahla zostało wpisane na międzynarodową listę UNESCO Pamięć Świata. Archiwum obejmuje m.in. kolekcje fotografii, dzienniki, listy prywatne, manuskrypty książek i plany wypraw z lat 1937–2002.
Od 2011 roku jedna z fregat rakietowych norweskiej marynarki nosi imię Thora Heyerdahla – KNM Thor Heyerdahl.
W miejscowości Lulkowo, pod Toruniem (gm. Łysomice), w 2013 jedną z ulic nazwano Kon-Tiki.