Po upadku rządu Noliego wyjechał do Bari i tam związał się z emigracyjną organizacją Związek Narodowy (Bashkimi Kombëtar).

Powrócił do Albanii w czerwcu 1939 po inwazji włoskiej, ale nie podjął współpracy z władzami okupacyjnymi. Związany z Ruchem Narodowowyzwoleńczym, udostępniał świątynię na spotkania działaczy ruchu oporu. W sierpniu 1943 policja włoska spaliła dom Karbunary i zniszczyła lokalną świątynię. W 1944 został aresztowany przez Niemców, ale wkrótce opuścił więzienie. 2 grudnia 1945, po przejęciu władzy przez komunistów wziął udział w pierwszych wyborach parlamentarnych i uzyskał mandat deputowanego z okręgu Lushnje. Związany z opozycją antykomunistyczną został aresztowany w 1946 pod zarzutem wrogiej działalności skierowanej przeciwko państwu albańskiemu. Proces pokazowy Karbunary odbywał się w stołecznym kinie. Przed sądem nie przyznał się do stawianych mu zarzutów, twierdząc że zawsze działał zgodnie z interesami Albanii. 10 października 1947 Sąd Specjalny, któremu przewodniczył Niko Çeta skazał Karbunarę na karę śmierci przez rozstrzelanie.