Żydowscy więźniowie znajdowali się w bardzo ciężkim położeniu. Wobec obowiązującego zakazu dostarczania im pomocy z zewnątrz nie mogli bowiem liczyć na wsparcie rodzin lub żydowskich organizacji pomocowych, lecz co najwyżej na ograniczoną pomoc ze strony Patronatu Opieki nad Więźniami. Wielu umierało na skutek głodu, chorób i brutalności strażników. Niemcy twierdzili, że ten stan rzeczy przekłada się na zwiększone zagrożenie epidemiologiczne dla więźniów nieżydowskich. Odnotowano jednocześnie przypadki ucieczek chorych Żydów, których czasowo przeniesiono z więzień po „aryjskiej stronie” do szpitali w getcie warszawskim. Były to główne przyczyny, dla których podjęto decyzję o utworzeniu dla żydowskich więźniów miejsca odosobnienia na terenie getta. Jan Grabowski sugeruje, że stało za nią także niemieckie dążenie do „aryzacji” więzień w dystrykcie warszawskim.