Na stanowisku dowódcy 59 pp pozostał do 1939 i dowodził nim w kampanii wrześniowej. 22 września w Puszczy Kampinoskiej został ranny i wzięty do niemieckiej niewoli. Przebywał w Oflagu VII A Murnau. 21 lipca 1945, po uwolnieniu z niewoli, przybył do 2 Korpusu Polskiego we Włoszech i został przydzielony do Rezerwy Oficerów 7 Dywizji Piechoty. 9 czerwca 1947 został skreślony z „listy żołnierzy PSZ poza granicami Kraju”.
25 czerwca 1947 wrócił do kraju.. W latach 1947–1956 był poddany kontroli operacyjnej przez funkcjonariuszy Wojewódzkiego Urzędu do spraw Bezpieczeństwa Publicznego w Krakowie. W Oddziałowym Archiwum Instytutu Pamięci Narodowej w Krakowie przechowywane są materiały sprawy ewidencyjno-obserwacyjnej o kryptonimie „Bolek”, dotyczące Bolesława Mirgałowskiego s. Floriana ur. 15 kwietnia 1889.
Bolesław Mirgałowski zmarł 20 marca 1983 w Krakowie i został pochowany na cmentarzu Rakowickim.. Był żonaty z Kazimierą z Krogulskich (1899–1981), z którą miał syna Zbigniewa ps. „Kamień” (1923–1995), strzelca w Oddziale Osłony Kwatery Głównej Okręgu Warszawskiego Armii Krajowej, i córkę Marię Danutę ps.