Prowadzona jest odrębna ewidencja dla państwowego i niepaństwowego zasobu archiwalnego.
Przechowywany w Archiwum zasób podzielony jest na trzy części:
dział I – akta towarzystw naukowych (w tym zespoły akt Towarzystwa Naukowego Krakowskiego i Polskiej Akademii Umiejętności z lat 1815-1952), dział II – akta Oddziału PAN w Krakowie i placówek PAN z siedzibą w Krakowie, dział III – archiwa osobiste ludzi nauki i kultury (m.in. spuścizny Karoliny Lanckorońskiej, Władysława Konopczyńskiego, Walerego Goetla, Wacława Felczaka, Wojciecha Narębskiego, Władysława Kotwicza, Stanisława Kutrzeby, Konstantego Grzybowskiego, Stanisława Grzybowskiego, Jana Grzegorzewskiego, Tadeusza Kowalskiego, Wincentego Lutosławskiego, Izydory Dąmbskiej, Adama Vetulaniego, Jana Mariana Włodka, Mieczysława Radwana czy Mariana Mięsowicza).
Stan zasobu Archiwum Nauki PAN i PAU na 31 grudnia 2019 roku wyniósł 1687,89 mb dokumentacji aktowej i pozaaktowej. Zbiory rozmieszczone są w sześciu klimatyzowanych magazynach archiwalnych.