Koniecznym było poddanie kwarantannie 100 marynarzy, personel który miał kontakt z pacjentami z podejrzeniem COVID-19, również poddano kwarantannie. Okręt wrócił do bazy w San Diego 15 maja.
W dniu 31 marca 2020 r., podczas gdy USNS „Mercy” był zacumowany, maszynista pociągu towarowego przewoźnika Pacific Harbor Line celowo wykoleił skład, próbując zderzyć się ze statkiem, ale atak się nie powiódł. Według amerykańskiej prokuratury maszynista „był podejrzliwy wobec okrętu, wierząc, że ma on inny cel związany z COVID-19 lub przejęciem rządu”. Pociąg zatrzymał się około 230 m od statku po zniszczeniu kilku barier, doszło do znacznego wycieku oleju napędowego, który musiał zostać zneutralizowany przez straż pożarną. Nikt nie został ranny, a statek nie został uszkodzony, maszynista został oskarżony o rozbicie pociągu.
Następnie nastąpił siedmiomiesięczny okres konserwacji i renowacji, podczas którego utworzono kabinę dla załogi dwóch dużych helikopterów, V-22 Osprey oraz Sikorsky SH-60 Seahawk.