Wkład w paleontologię Po zakończeniu pracy w Kansas Geological Survey, Moore zintensyfikował swoje prace w dziedzinie paleontologii bezkręgowców. O ile wcześniej zajmował się głównie mszywiołami, to później badał też inne grupy, a jego monografie koncentrowały się na koralowcach i liliowcach. Nazwał tuziny gatunków i wiele taksonów wyższego rzędu. W niektórych przypadkach korzystał ze swych zdolności artystycznych do rekonstrukcji wyglądu znalezionych skamieniałości (wówczas była to szeroko akceptowana praktyka).
W roku 1948 Moore rozpoczął pracę nad wydaniem Treatise on Invertebrate Paleontology. Motywował i popędzał Raya Bassslera, autora pierwszego tomu, a po ukończeniu przez niego pracy zajął się zbieraniem funduszy na wydanie. W późniejszych czasach Moore ciągle zajmował się Treatise: koordynował działania, pisał teksty i dokonywał krytycznej redakcji tekstów innych autorów. Podobno edytował kolejny tom leżąc w łóżku, na kilka dni przed śmiercią. Wraz z żoną ustanowił fundusz wspierający wydawanie periodyku.
Oprócz tekstów w Treatise publikował też inne prace na temat paleontologii, niektóre z nich stały się klasycznymi.