Trafił do obozu koncentracyjnym Neuengamme pod Hamburgiem, a następnie obozu jenieckiego X B w Sandbostel.
Po wyzwoleniu obozu przez wojska angielskie przez kilka miesięcy był leczony w wojskowych lazaretach angielskich, a pod koniec czerwca 1945 r. trafił do obozu dla przesiedlonych Polaków koło Bremy. Tu założył pierwszą polską szkołę powszechną dla przesiedleńców.
Kiedy wrócił do kraju, rozpoczął studia na Wydziale Lekarskim Akademii Lekarskiej Gdańsku.
W 1948 r. Stanisław Sterkowicz rozpoczął pracę jako lekarz rejonowy w Powiatowym Urzędzie Zdrowia w Nowym Porcie. Ożenił się z Janiną z Marczewskich. Państwo Sterkowiczowie mieli dwóch synów: Jacka i Wojciecha. Żona, która także była lekarką, w przyszłości została współautorką jednej z publikacji pt. "Porzućcie wszelką nadzieję, którzy tu wchodzicie : wspomnienia ofiar nazizmu” wydanej w 2006 r. przez Włocławskie Towarzystwo Naukowe.
Pracę doktorską Sterkowicz obronił w grudniu 1951 r. pod tytułem „Walka o reformy socjalne medycyny polskiej na przykładzie działalności lekarskiej Tadeusza Boya-Żeleńskiego”. Uzyskał dyplom lekarza i zgodnie z polityką ówczesnych władz otrzymał dwuletni nakaz pracy na ziemiach odzyskanych z przydziałem placówki w Lęborku, gdzie został asystentem na Oddziale Chirurgii.