Następne problemy cystersów wyniknęły z kolejnego już ustanowienia na majątku klasztornym hipoteki przez Oldřicha, wskutek którego w 1433 r do Wyższego Brodu wkroczył hetman husycki Jan Čapek z Sán, ostatecznie Oldřich zdołał się jednak wypłacić. Już parę lat później rożemberski szlachcic wyprzedał niewielką ilość cysterskich szat liturgicznych, zastawione pozostawały także cysterskie kamienie szlachetne. Klasztor przez dłuższy czas był obciążony długami.
W połowie XV w.1457 r. wspólnota klasztorna liczyła 18 zakonników.
XVI i XVII w. mały|297x297px|Kościelny nagrobek Rożemberków Z listu opata Pawła II wiadomo, że w 1540 roku w okolicach klasztornych postępował protestantyzm, któremu wspólnota chciała przeciwdziałać. W roku 1584 r. opat Jerzy I Taxer poprosił o przysłanie Altovadum jezuity do głoszenia kazań. W wyniku działania kontrreformacyjnego, w tym aktywności jezuitów, w Boże narodzenie roku 1588, setki protestantów powróciło do katolicyzmu, pozostali musieli zaś opuścić miejscowość.