Na pokładzie statku zaokrętowano między innymi sługę Magellana Enrique z Malakki, kartografa Estebana Gómeza, kronikarza Antonia Pigafettę, Ginesa de Mafrę późniejszego odkrywcę i podróżnika oraz Gonzala Espinosę.
„Trinidad”, wraz z pozostałymi statkami flotylli, opuścił port w Sewilli 10 sierpnia 1519 roku. Flotylla przybyła do Sanlúcar de Barrameda, gdzie zatrzymała się na pięć tygodni. 20 września opuściła Hiszpanię. „Trinidad”, jako statek flagowy, płynął odtąd na czele wyprawy. Każdy statek musiał zbliżyć się do flagowego przed zapadnięciem zmroku, a następnie podążać za światłami zapalonymi na jego rufie. Okręt flagowy przy pomocy świateł sygnalizował, kiedy pozostałe statki mają zbliżać się lub płynąć. Każdy statek, z którego zauważono ląd, miał strzelać z armaty;