W 1940 powrócił do Albanii i podjął współpracę z grupą komunistyczną działającą w Korczy. Z jego poręczenia do organizacji przystąpił Enver Hoxha. W listopadzie 1941 nie wziął udziału w spotkaniu założycielskim Komunistycznej Partii Albanii z uwagi na podejrzenia o bliską współpracę z brytyjskim wywiadem. Od 1942 pełnił funkcję komisarza politycznego oddziału partyzanckiego w Pezie. We wrześniu 1942 wziął udział w konferencji Ruchu Narodowowyzwoleńczego (LANÇ) w Pezie, na którym został wybrany sekretarzem generalnym organizacji. Był przedstawicielem LANÇ na konferencji w Mukaj (sierpień 1943), na której omawiano zasady współpracy różnych ugrupowań albańskiego ruchu oporu. Mimo że porozumienie zawarte w Mukaj nie zostało zaakceptowane przez kierownictwo Komunistycznej Partii Albanii to Gjinishi nadal utrzymywał kontakty z ugrupowaniami antykomunistycznymi i oficerami misji brytyjskiej, stacjonującymi w Albanii. Do sierpnia 1944 walczył w oddziale partyzanckim dowodzonym przez Myslyma Pezę.