Na początku 1999 roku kaplica Rothko została zamknięta z powodu generalnego remontu. W 2000 roku kaplica została ponownie otwarta po 18-miesięcznej renowacji za 1,8 miliona dolarów, z nowo odrestaurowanymi obrazami artysty. Z okazji pięćdziesiątej rocznicy w 2021 roku kaplica Rothko przeszła renowację o wartości 30 milionów dolarów, wykonaną przez nowojorską firmę Architecture Research Office (ARO). Renowacja dotyczyła m.in. oświetlenia kaplicy: został zamontowany świetlik rozprowadzający po kaplicy światło dziennie, według pierwotnego zamiaru Rothko.
Architektura Kaplica Rothko to jednopiętrowy budynek z cegły, zbudowany na planie ośmiokąta wpisanego w Krzyż grecki. Elewacja frontowa kaplicy skierowana jest na południe.
Na środku kaplicy stoją drewniane ławki dla zwiedzających.
Obelisk Rzeźba „Złamany obelisk” (ang. Broken Obelisk) składa się z piramidalnej podstawy, na szczycie której mieści się odwrócony obelisk z najwyraźniej odłamanym trzonem. Cała konstrukcja jest wykonana ze stali corten. Autorem rzeźby jest amerykański malarz, przedstawiciel nurtu color field painting – Barnett Newman. Złamany obelisk został zakupiony dla miasta Houston przez Johna i Dominique de Menil, którzy przekazali go miastu pod jednym warunkiem, że będzie on upamiętniał Martina Luthera Kinga Jr.