Kariera trenerska Bengt-Åke Gustafsson jeszcze w trakcie kariery sportowej rozpoczął karierę trenerską. W latach 1998–2002 był asystentem Ralpha Kruegera, swojego trenera w VEU Feldkirch, w reprezentacji Szwajcarii. Następnie tuż po zakończeniu kariery sportowej do końca sezonu 1998/1999 prowadził austriacki VEU Feldkirch, potem w latach 1999–2001 trenował SC Langnau. Następnie wrócił do Szwecji, gdzie w latach 2001–2005 trenował BK Färjestads, z którym w sezonie 2001/2002 zdobył Puchar Le Mata – trofeum za mistrzostwo Szwecji, po wygranej rywalizacji w finale z Modo Hockey 3:0 (3:2 pd, 7:2, 5:3), a także trzykrotnie zdobył wicemistrzostwo Szwecji (2003–2005).
14 lutego 2005 roku został selekcjonerem reprezentacji Szwecji, której w latach 2007–2010 był także menedżerem generalnym.