Niemcy zgodzili się natomiast zwolnić kilka Żydówek, które były zamężne z Rosjanami.
11–13 grudnia wszystkich Żydów, którzy stawili się na wezwanie władz niemieckich, wyprowadzono partiami z terenu instytutu i rozstrzelano nad rowem przeciwczołgowym, który znajdował się w odległości około 10 kilometrów od miasta, przy drodze do Teodozji. W kolejnych tygodniach Niemcy metodycznie wyłapywali uciekinierów, którzy ukrywali się w mieście. Z raportu Einsatzgruppe D wynika, że tylko między 9 stycznia a 15 lutego 1942 roku w Symferopolu zatrzymano i rozstrzelano ponad 300 Żydów. Z kolei w lipcu 1942 roku przy użyciu mobilnych komór gazowych zgładzono dzieci pochodzące z mieszanych małżeństw.
Eupatoria Niedługo po zajęciu Eupatorii Niemcy narzucili miejscowym Żydom obowiązek noszenia oznaczeń z żółtą gwiazdą Dawida. Powołano również Judenrat. Zarządzony przez Niemców spis ludności wykazał, że w mieście przebywa 750 Żydów.
21 listopada 650 lub 750 Żydów zgromadzono w gmachu miejscowej szkoły wojskowej. Dwa dni później funkcjonariusze Sonderkommando 11a zabrali ich w rejon kolejowego dworca towarowego i rozstrzelali nad znajdującym się tam rowem przeciwczołgowym.