Jezioro Lubowo w wyniku badań z 2001 roku zostało zakwalifikowane jako słabo odporne na degradujące wpływy zewnętrzne, w związku z czym zostało zaliczone do III kategorii podatności na degradację. Z jednej strony jezioro położone jest wśród lasów, co ma pozytywny wpływ na jakość wód jeziora, jednak z drugiej strony niewielka objętość akwenu w porównaniu do długości jego linii brzegowej, brak stratyfikacji wód, niewielka średnia głębokość oraz nieduża objętość epilimnionu ma wpływ niekorzystny.
Jezioro znajduje się na obszarze chronionego krajobrazu „Pojezierze Puszczy Noteckiej” oraz w granicach obszaru specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 „Puszcza Notecka” PLB300015.
W latach 2014–2016 trwał konflikt pomiędzy władzami powiatu strzelecko-drezdeneckiego, a okolicznymi mieszkańcami, którzy postanowili bronić zniesionej przez władze powiatowe strefy ciszy, która obejmowała jezioro. Mieszkańcy wysuwali argumenty dotyczące bezpieczeństwa osób wypoczywających nad jeziorem oraz prawa do ciszy dla okolicznej fauny, co było mocnym argumentem, gdyż jezioro leży w strefie obszaru Natura 2000.