Budowa geologiczna i rzeźba terenu mały|Rezerwat Klokočovské skálie Teren CHKO zbudowany jest głównie z fliszu karpackiego (piaskowce, zlepieńce, iłowce, łupki ilaste) oraz w znacznie mniejszym stopniu z mezozoicznych skał wapiennych, dolomitów, margli i piaskowców (tzw. Pieniński Pas Skałkowy). Na omawianym terenie występuje on jedynie na północ od Dolnej Marikovej, a ponadto, już poza granicami CHKO, w okolicy wsi Horný i Dolný Vadičov.
Miejscowa rzeźba terenu związana jest procesami orogenezy alpejskiej. Do charakterystycznych elementów krajobrazu należą: bruzdy erozyjne, pogórza i wierzchowiny. Relief wysokogórski spotykany jest jedynie w rejonie Wielkiej Raczy.
Słaba przepuszczalność skał wpływa na stosunkowo niski poziom wód podziemnych a w konsekwencji na niewielką wydajność miejscowych źródeł i duże wahania stanu wód w ciągu roku.
Wśród najciekawszych wytworów przyrody nieożywionej wymienić trzeba piaskowcowe kule w rezerwacie Klokočovské skálie oraz w Czadcy-Milošovej (te ostatnie tuż poza granicami CHKO), ropne źródło w Korni, progi skalne na potoku Vychylovka, „kamienne morze” w rezerwacie Vychylovské skálie, jaskinie Malá- i Veľká skalna diera (w rezerwacie Veľká Rača) oraz kamienną ścianę Kaniakovej skaly.