W 2009 współzakładała Towarzystwo Nauczycieli Szkół Polskich zrzeszające pedagogów głównie z Małopolski, Mazowsza i Dolnego Śląska. W 2010 została jego prezeską. W ramach TNSP odpowiadała za przygotowanie wniosku do Trybunału Konstytucyjnego o zbadanie zgodności z ustawą zasadniczą istnienie w Karcie Nauczyciela tzw. godzin karcianych.
W 2010 zrezygnowała z funkcji dyrektorki szkoły. Pozostała jednak nauczycielką i opiekunką uczniów na świetlicy. W 2011 kontrowersje wzbudził ustawiony przez Barbarę Nowak w szkole tzw. ołtarz „Solidarności” – ekspozycja, na której znalazły się m.in. krzyże, świeczniki, zdjęcia i makieta pękniętej Polski z wbitym fragmentem Tu-154, nawiązująca do katastrofy smoleńskiej. W sprawie interweniowali m.in. ówczesna przewodnicząca komisji edukacji w krakowskiej radzie miasta Marta Patena, a także prezydent Krakowa Jacek Majchrowski, który podkreślał, że dzieci nie powinny być „karmione w szkole tego typu martyrologią”.