W lipcu 1990 na szczycie NATO w Londynie zadeklarowano koniec „zimnej wojny” i zaproszono kraje Europy Wschodniej do budowania partnerskich stosunków. Struktura ACE po restrukturyzacji w 1994: Naczelne Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych NATO w Europie – Belgia Siły Reagowania (Reaction Forces) Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych Europy Północno-Zachodniej – High Wycombe w Wielkiej Brytanii Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych Europy Centralnej – Brunssum w Holandii Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych Europy Południowej – Neapol we Włoszech Dowódca Portugalskich Sił Powietrznych – Lizbona w Portugalii
We wrześniu 1999 wprowadzono kolejne zmiany w strukturze dowodzenia NATO. Naczelne Dowództwa Teatrów Wojny (MNCs) zastąpiono Strategicznymi Dowództwami, zaś Pośrednie Wyższe Podporządkowane Dowództwa (MSCs) zastąpiono Regionalnymi Dowództwami. Najniższe w hierarchii – Główne Podporządkowane Dowództwa (PSCs) przemianowano na Subregionalne Dowództwa (Dowództwa Komponentów i Połączone Dowództwa Subregionalne). Nowa struktura nadal opierała się na geograficznym podziale obowiązków. Naczelne Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych NATO w Europie (ACE) przeformowane zostało na Strategiczne Dowództwo Sił Sojuszniczych NATO w Europie (ACE).