Na przełomie lat 50. i 60. XX w. przeprowadzono szereg zmian strukturalnych. W Dowództwie Atlantyku Zachodniego zlikwidowano Dowództwo Podobszaru Atlantyku Amerykańskiego, a jego kompetencje przejęło Dowództwa Podobszaru Oceanu. Ponadto utworzono Dowództwo Sił Atlantyku Północnoamerykańskiej Obrony przed Okrętami Podwodnymi. Natomiast rejon wschodniego Atlantyku podporządkowano Dowództwu Atlantyku Wschodniego, które stało się odpowiedzialne za całość działań sił NATO w tym rejonie. Dowództwo Sił Powietrznych Atlantyku Wschodniego wyłączono ze współdowodzenia tym rejonem, przemianowano je na Dowództwo Morskich Sił Powietrznych Obszaru Atlantyku Wschodniego i podporządkowano Dowódcy Atlantyku Wschodniego. Dowództwu Morskich Sił Powietrznych podporządkowano istniejące już Dowództwo Morskich Sił Powietrznych Podobszaru Północnego i Dowództwo Morskich Sił Powietrznych Podobszaru Centralnego