We wrześniu 1999 wprowadzono kolejne zmiany w strukturze dowodzenia NATO. Naczelne Dowództwa Teatrów Wojny (MNCs) zastąpiono Strategicznymi Dowództwami, zaś Pośrednie Wyższe Podporządkowane Dowództwa (MSCs) zastąpiono Regionalnymi Dowództwami. Najniższe w hierarchii – Główne Podporządkowane Dowództwa (PSCs) przemianowano na Subregionalne Dowództwa (Dowództwa Komponentów) i Połączone Dowództwa Subregionalne. Nowa struktura nadal opierała się na geograficznym podziale obowiązków. Naczelne Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych NATO Atlantyku przeformowane zostało na Strategiczne Dowództwo Sił Sojuszniczych NATO Atlantyku (ACLANT).
Struktura ACLANT w 1999: Naczelne Dowództwo Połączonych Sił Sojuszniczych NATO Atlantyku – Norfolk Regionalne Dowództwo Atlantyku Zachodniego (RC WESTLANT) – Norfolk Dowództwo Podobszaru Oceanu – Norfolk Dowództwo Podobszaru Atlantyku Kanadyjskiego – Halifax Dowództwo Okrętów Podwodnych Obszaru Zachodniego Atlantyku – Norfolk Dowództwo Sił Sojuszniczych Atlantyku Wschodniego (RC EASTLANT) – Northwood Dowództwo Morskich Sił Powietrznych Obszaru Wschodniego Atlantyku – Northwood Dowództwo Podobszaru Północnego – Rosyth Dowództwo Morskich Sił Powietrznych Podobszaru Północnego – Pitreavie (WB) Dowództwo Podobszaru Centralnego – Plymouth Dowództwo Morskich Sił Powietrznych Podobszaru