Jednocześnie rozwiązano Dowództwo Połączonych Sił Morskich Europy Centralnej (NAVCENT) z podległymi dwoma Dowództwami (NAVNORCENT i NORSEACENT) Nowo powstałe dowództwo COMBALTAP odpowiadało za obronę Danii, Szlezwik-Holsztynu i Hamburga, południowo-zachodniej część Morza Bałtyckiego (do południka 16° na wschód od Bomholmu), cieśnin: Sund, Wielki i Mały Bełt, Kattegat, Skagerrak oraz wschodniej części Morza Północnego, a także przestrzeni powietrznej nad wymienionymi rejonami. Zachodnią granicę strefy stanowił południk 5° szerokości wschodniej. Samo dowództwo i sztab obsadzone było w jednej trzeciej przez żołnierzy niemieckich, w jednej trzeciej przez duńskich, pozostałą trzecią część stanowili Amerykanie, Brytyjczycy, Kanadyjczycy i Norwegowie.
Głównym zadaniem nowo utworzonego Dowództwa była obrona Cieśnin Bałtyckich przed ewentualnym wysadzeniem na wyspy duńskie desantu morskiego i blokada Floty Bałtyckiej na Morzu Bałtyckim. Dowódcą BALTAP-u był zawsze duński wiceadmirał (generał), natomiast zastępcą wiceadmirał niemiecki. Według oceny strategów NATO, będące w dyspozycji dowódcy BALTAP-u siły RFN i Danii były dalece niewystarczające by pokonać wojska Układu Warszawskiego. Dlatego też planowano ich wzmocnienie dwoma amerykańskimi grupami lotniskowcowymi (Z.O. 401 i Z.O. 402) oraz ZOB USA (Z.O.