Pomoc Żydom Ze wspomnień Banasia wynika, że żywił on antysemickie uprzedzenia. Niemniej w czasie okupacji aktywnie pomagał prześladowanym i eksterminowanym Żydom. W kwietniu 1942 r. został ojcem chrzestnym żydowskiej kobiety o imieniu Irena, która ukrywała się przed Niemcami. Tuż przed śmiercią chciała przyjąć chrzest. Sakramentu udzielił jej ks. Ferdynand Machay. Kobieta przeżyła wojnę. W 1943 r., dzień po likwidacji getta w Krakowie, Banaś napotkał zabiedzoną Różę Jakubowicz z małym Tadeuszem. Ich spotkanie spostrzegł miejscowy Niemiec, którego jednak przekonał łapówką – 160 zł i pół litra wódki – by pozwolił odejść kobiecie. Franciszek Banaś uratował także Miriam Schein, rabina Lewertowa z dwoma synami, rodzinę Hoffmanów (rodzice i dwoje dzieci) – swoich znajomych sprzed wojny, a także dwie siostry Dorthaimer. Jan Grabowski szacuje, że Banaś „uratował kilkoro Żydów, a wielu innym niósł okazjonalną pomoc”.
Działania Banasia nie były przyjmowane z życzliwością przez jego kolegów–policjantów. Jeden z nich, niejaki Kaczyński, miał go nawet zadenuncjować do niemieckiej Schutzpolizei. Banaś został wtedy uratowany przez Oswalda Bousko – austriackiego policjanta służącego na stanowisku zastępcy szefa Schutzpolizei na Podgórzu, aktywnie uczestniczącego w działaniach na rzecz ratowania Żydów.