Kilka dni po tym jak Anjali powiedziała w wywiadzie telewizyjnym, że padła ofiarą molestowania seksualnego w miejscu pracy, wszczęto przeciwko niej postępowanie przed Sądem Wojennym. W liście z 7 kwietnia, zaadresowanym do szefa sztabu lotniczego i ministerstwa obrony, Anjali zarzuciła, że jej przełożeni niesłusznie oskarżyli ją o naruszenie dyscypliny i zaniedbania finansowe. Siły Powietrzne odrzuciły żądanie przeprowadzenia niezależnego śledztwa w sprawie zarzutów Gupty.
Proces i wyrok Po tym jak Anjali złożyła oświadczenie przed o myślach samobójczych, które miała z powodu nękania przez przełożonych, została umieszczona w areszcie domowym. Na podstawie badania przeprowadzonego przez psychiatrów z i Institute of Aerospace Medicine orzeczono brak objawów świadczących o jakichkolwiek klinicznych zaburzeniach psychicznych. 24 maja zwolniono ją z aresztu.
8 grudnia 2005 została ona uznana winną popełnienia 5 z 7 stawianych jej zarzutów – defraudacji finansowych (takich jak fałszowanie rachunków za dodatki), niesubordynacji, niezdyscyplinowania, nieprawidłowości i zachowania niegodnego funkcjonariusza, wskutek czego w 2006 została odwołana ze służby.