W styczniu 1994 Dowództwo Połączonych Sił Cieśnin Bałtyckich i Bałtyku Zachodniego zostało wyłączone ze struktur Dowództwa Połączonych Sił Sojuszniczych Europy Północnej i podporządkowane Dowództwu Połączonych Sił Sojuszniczych Europy Centralnej AFCENT. W tym też czasie zlikwidowano Dowództwo Połączonych Sił Morskich Cieśnin Bałtyckich i Bałtyku Zachodniego COMNAVBALTAP.
Cele i zadnia Celem dowództwa BALTAPU było ograniczenie działalności sił Zjednoczonej Floty Bałtyckiej w południowej i środkowej części Morza Bałtyckiego i niedopuszczenie do przejęcia przez nie inicjatywy operacyjnej oraz blokowanie i niszczenie sił okrętowych. Główny wysiłek działań planowało skupić na działaniach okrętów podwodnych, lotnictwa myśliwsko-bombowego i myśliwskiego, lekkich nawodnych sił uderzeniowych oraz sił trałowo-minowych. Komponentem morskim kierowało COMNAVBALTAP. W razie konfliktu, w działaniach na Morzu Bałtyckim, Północnym i Norweskim, planowano użyć około 440 okrętów. Na Morzu Bałtyckim, w jego północnej i środkowej części, działania miały prowadzić okręty podwodne ze składu Z.O. 457, w zachodniej części Morza Bałtyckiego – Z.O. 420 sił morskich Danii oraz Z.O. 500 wydzielonych sił morskich RFN.