19 listopada Rada J.League potwierdziła udział następujących klubów w inauguracyjnym sezonie J3: Gainare Tottori (drużyna spadła w 2013 roku z J.League Division 2) Blaublitz Akita FC Machida Zelvia SC Sagamihara AC Nagano Parceiro Zweigen Kanazawa YSCC Yokohama FC Ryukyu Fukushima United FC Fujieda MYFC Iwate Grulla Morioka J.League U-22 (drużyna, złożona z najlepszych młodzieżowców J1 i J2, mająca na celu przygotowanie ich do Igrzysk Olimpijskich w 2016 roku)
Od 2017 do 2023 roku mistrzowie i wicemistrzowie awansowali bezpośrednio i zastępowali kluby z 21. i 22. miejsc w J2. Jeśli tylko mistrz lub wicemistrz posiadał, lub otrzymał licencję J2, to z ligi spadał tylko ostatni klub w tabeli J2; jeśli obaj zdobywcy czołowych miejsc nie kwalifikowali się do awansu, to żadna drużyna nie awansowała do J2 ani nie spadała z niej.
Od sezonu 2024 drużyny od 3 do 6 miejsca, wezmą udział w barażach, a ich zwycięzca awansuje jako trzecia drużyna do J2.
Po sezonie 2025 nastąpi zmiana formatu na jesień-wiosna. W pierwszej połowie 2026 roku odbędzie się specjalny turniej - 2026 J1 100 Year Vision League. Wyniki tego turnieju nie spowodują spadku do JFL ani awansu do J2.