Dapčević tymczasowo ukrywał się w Belgradzie, jednak 2 września został zatrzymany w okolicach Suboticy podczas próby przekroczenia węgierskiej granicy.
Przez 22 miesiące był przebywał w aresztach w Banjicy i Glavnjačy, następnie od 1 do 4 czerwca 1950 roku przed Sądem Wojskowym w Belgradzie odbywał się proces w jego sprawie; prokurator wojskowy Ilija Kostić oskarżył Dapčevicia o działalność przeciwko armii i państwu, zdradę ojczyzny oraz o złamanie przysięgi wierności poprzez organizowanie grup, których celem było obalenie Josipa Broza Tity przy interwencji obcego państwa. Został skazany na 20 lat pozbawienia wolności, jednak na mocy amnestii wyrok zmniejszono do 8 lat, a został wypuszczony na wolność po 6 latach. Od czerwca 1950 do 6 grudnia 1956 był z powodu swoich antyrewizjonistycznych i internacjonalistycznych poglądów politycznych więziony w Starej Gradišce, Bileći i Golim otoku; został poddany bezprecedensowym torturom, mimo to nie udało się go zmusić do zmiany poglądów. Po wyjściu na wolność rozpoczął pracę w Związku Artystów Filmowych Serbii.