Uczył się w gimnazjum w Chojnicach, gdzie należał do tajnego koła filomackiego. Mając 19 lat w marcu 1864 r. wraz z kolegami z koła filomackiego udał się do Królestwa Polskiego by wziąć udział w trwającym tam powstaniu narodowym przeciwko Imperium Rosyjskiemu. Chojniccy ochotnicy maszerując nocami a we dnie ukrywając się po dworach polskich, granicę przekraczają na rzece Drwęcy pod Brodnicą. Lipiński przebywał na terenie objętych działaniami wojny partyzanckiej kilka tygodni. Jego oddział uczestnicząc w potyczce z Moskalami musiał przekroczyć Drwęcę, która była obsadzona przez Prusaków. Przy tej przeprawie Rosjanie zdziesiątkowali powstańczy oddział. Korneliusz Lipiński został ujęty przez pruskich żołnierzy i uwięziony.
Według donosu dyrektora gimnazjum w Chojnicach dra Goebel'a z 31 III 1864 skierowanego do tamtejszego starostwa (landratury) wraz z Lipińskim, który uczęszczał wówczas do przedostatniej klasy (secundy), do powstania poszli również uczniowie Antoni Muchowski z Foshuty, Franciszek Bonin z Borska, Franciszek Kurowski z Czarnegolasu, Franciszek Studziński z Lubania oraz niedawno wydalony z gimnazjum Kazimierz Stencel z Raciąża tudzież nieznany z nazwiska subiekt (ekspedient) z ChojnicA. Bukowski, Pomorze Gdańskie w powstaniu styczniowym, Gdańsk 1964, s. 55, 181..