W 1944 roku dążył do utworzenia antykomunistycznego porozumienia, które miałoby utrzymywać kontakty z zachodnimi aliantami. Kraja wzywał ich do lądowania w Szkodrze natychmiast po wycofaniu się z niej wojsk niemieckich, żeby komunistyczna Armia Narodowo-Wyzwoleńcza nie zdążyła zająć miasta. Plan ten nie został zrealizowany, a Kraja przeszedł do podziemia. Udało mu się jednak doprowadzić do porozumienia między Sulçe Bushatim a Gjonem Markagjonim w kwestii działań Komitetu Narodowego w Szkodrze wobec komunistycznych partyzantów, którzy dotarli z południa kraju nad rzekę Drin.

W roku 1947 ujawnił się albańskim komunistycznym władzom z powodu ogłoszenia amnestii przez albańskie władze; został jednak skazany na karę śmierci zamienioną początkowo na dożywocie, następnie obniżoną do 25 lat pozbawienia wolności. Został zwolniony z więzienia w dniu 12 października 1965 roku; nie uczestniczył już w życiu publicznym. W tym samym roku władze skonfiskowały jego domową bibliotekę.

Zmarł w 1973 roku.

Życie prywatne W 1931 roku wziął ślub z kobietą o imieniu Zenepja, z którą miał dzieci;