W trakcie sezonu Macedończyk ogłosił w mediach społecznościowych chęć odejścia z Bursasporu, spowodowaną małą ilością występów w pierwszej drużynie.
Hajduk Split Po rozwiązaniu kontraktu z tureckim Bursasporem, 8 września 2020 roku, Atanasow został ogłoszony nowym piłkarzem Hajduka Split. Z chorwackim klubem związał się 2-letnim kontraktem. W pierwszym sezonie w barwach Hajduków rozegrał 23 mecze ligowe, zdobywając dwie bramki oraz jedno spotkanie w Pucharze Chorwacji. Zadebiutował również w europejskich pucharach, rozgrywając dwa spotkanie eliminacji Ligi Europy. W sezonie 2021/22 wywalczył z Hajdukiem wicemistrzostwo Chorwacji oraz zdobył Puchar Chorwacji. Wystąpił także w dwóch spotkaniach eliminacji Ligi Konferencji UEFA. 19 stycznia 2022 roku Hajduk ogłosił przedłużenie kontraktu z Atanasowem do czerwca 2023 roku. Jesienią sezonu 2022/2023 rozegrał 11 spotkań w chorwackiej ekstraklasie, zdobywając 2 gole oraz trzy spotkania eliminacjach Ligi Konferencji UEFA. Był również zawodnikiem rezerwowym w przegranym przez Hajduk, po rzutach karnych, meczu o Superpuchar Chorwacji.