W krasowych zagłębieniach jaskini znajduje się ponad 20 jezior (niektóre źródła podają ich ponad 60), o głębokości nie większej niż 2 m i stałej temperaturze 8-11 °C. Wody jeziora, jak wykazały analizy hydrochemiczne, posiada bogatą zawartość soli mineralnych, które działają leczniczo na organizm ludzki. Występują również naturalne „studnie” o głębokości 16–20 m. Każda podziemna hala i chodnik wyłożone są drobnymi glinkami o różnych odcieniach koloru, w wyniku przypadkowej mineralizacji: zielonej, niebieskiej, czerwonej, czarnej, białej, itp. Grotołazi-amatorzy ulepili niektóre figurki z gliny na niektórych podziemnych trasach, których używają jako wskazówek do różnych pomieszczeń i labiryntów. Uwagę zwracają kalcytowo-gliniane stalaktyty pokrywające stropy i ściany niektórych empor, kurtyny o grubości 2–20 cm. Efektem wieloletniej pracy naukowców było odkrycie i zbadanie unikalnych kolonii mikroorganizmów żelazistych.
Geneza i właściwości geologiczne thumb|left|Formacje jaskiniowe Jaskinia jest stosunkowo młoda, powstała pod koniec okresu plejstocenu.