Największym zagęszczeniem żółwi w okresie lęgowym cechuje się plaża Sekania (500–700 gniazd rocznie).
Ogółem w morzu na terenie parku występuje ponad 30 rzadkich i zagrożonych gatunków zwierząt, wśród nich mniszka śródziemnomorska – gatunek zagrożony z rodziny fokowatych – a także przyszynka szlachetna, granik wielki oraz delfin zwyczajny. Występują tu także rafy koralowe zamieszkiwane przez rozgwiazdy oraz koralowce.
Na lądzie znaleźć można 10 gatunków nietoperzy zamieszkujących jaskinie oraz stare budynki, kilka gatunków gadów i płazów nad jeziorem Keri (m.in. żółwia błotnego, żółwia kaspijskiego oraz rzekotkę drzewną i ropuchę zieloną), natomiast na Strofadach zaobserwowano jaszczurkę . Obszar parku zamieszkuje nawet 119 gatunków ptaków, w tym migrujących takich jak sokół skalny czy turkawka.
Flora i siedliska Obszar parku narodowego charakteryzuje również różnorodność siedlisk, które obejmują: