Ochrona Spowodowana przez gatunki z rodzaju Pythium zgnilizna korzeni jest trudna do opanowania. Kluczowe znaczenie ma zapobieganie chorobie poprzez odpowiednie warunki sanitarne. Ławki, podłogi, doniczki, narzędzia i sprzęt można dezynfekować między uprawami za pomocą komercyjnych środków odkażających. Sadzonki powinny być pobierane z roślin wolnych od chorób lub pozyskiwane z renomowanych źródeł. Zainfekowane rośliny macierzyste mogą przenosić inokulum między uprawami i dlatego należy je wyrzucić. Przy uprawach doniczkowych należy wysterylizować doniczki i podłoże. Rośliny sadzi się w odpowiedniej odległości, aby zmniejszyć wilgotność i możliwość rozprzestrzeniania się patogenów z doniczki na doniczkę. Unikać należy nadmiernego nawadniania i gromadzenia się stojącej wody. Woda do nawadniania powinna zostać przebadana i oczyszczona. Wodę sterylizuje się podwyższoną temperaturą, chemikaliami utleniającymi, promieniowaniem UV lub metodą filtracji membranowej.
Można stosować fungicydy, ale dają one najlepsze wyniki, gdy są stosowane w celach zapobiegawczych.