Do opanowania przez aliantów północnej Afryki i Sycylii w 1943 roku było to jedyne, oprócz lotnisk na Malcie, lądowisko dla samolotów kursujących na trasie Anglia – Egipt (pomijając krótkie okresy, gdy alianci mieli w posiadaniu lotniska w Libii). Przede wszystkim istotna była rola stałej bazy dla samolotów zwalczających niemieckie okręty podwodne w tym obszarze oraz eskortujących konwoje morskie, co według niektórych ocen umożliwiło przeprowadzenie lądowania w Afryce Północnej. Z uwagi na charakterystykę lotniska i trudne warunki atmosferyczne dochodziło tam jednak do wypadków lotniczych, z których najbardziej znanym stała się katastrofa 4 lipca 1943 roku, w której zginął Naczelny Wódz Polskich Sił Zbrojnych generał Władysław Sikorski.
Gibraltar był też jednym z dwóch głównych portów które obsługiwały wojskowe konwoje transatlantyckie. Od listopada 1942 do sierpnia 1945 roku między Stanami Zjednoczonymi a Gibraltarem w 189 konwojach kursowało 11 119 statków. Między grudniem 1942 a marcem 1945 roku przetransportowano na tej trasie 536 134 żołnierzy. W 1940 roku w Gibraltarze stacjonowały cztery bataliony piechoty, ponadto sformowano wówczas Samodzielną Kompanię komandosów.