Efrem został uhonorowany pamiątkowym medalem wykonanym na polecenie prymasa HlondaJan Kasprowicz, Działania artystyczne ojca Efrema uczynione dla Bazyliki Prymasowskiej w Gnieźnie, w: Zanurzony w Pięknie: Efrem Maria z Kcyni, s. 153–185..
Zmarł w Warszawie i został pochowany w katakumbach warszawskiego kościoła kapucynów.
Upamiętnienie 27 maja 1989 roku prymas Polski kardynał Józef Glemp odsłonił tablicę pamiątkową o. Efrema na budynku przy ul. Ogrodowej 3 w Kcyni, gdzie urodził się artysta.
Z okazji 50. rocznicy śmierci o. Efrema została urządzona wystawa jego prac w Muzeum Archidiecezjalnym w Warszawie (3 grudnia 2020 – 10 września 2021). Na jej zakończenie odbyło się sympozjum naukowe poświęcone jego twórczości.
9 września 2021 w Kościele Przemienienia Pańskiego w Warszawie została odsłonięta tablica pamiątkowa artysty. W uroczystości uczestniczył biskup Michał Janocha, prowincjał Warszawskiej Prowincji Kapucynów Łukasz Woźniak oraz burmistrz Kcyni Marek Szaruga.